具马六甲王国血统的柔佛王国(1540~1699)
Sultan Abdul Jalil Syah统治下,商业贸易恢复发展,首府于Batu Sawar。1673~1681年的占卑战争(Jambi War)导致王国一蹶不振,各属地纷纷独立。
廖内柔佛王国(1681~1699)
由于首府被占卑人毁坏,苏丹将王都前往廖内,故称廖内柔佛王国。为了振兴王国,苏丹招聘武吉斯人(Bugis)为雇佣兵。末代君主Sultan Mahmud为一暴君,遭暗杀,因无子嗣,由首相继位,具有马六甲王国血统的柔佛王国至此结束。
柔佛首相王朝(1699~1835)
1699年,首相Tun Abdul Jalil继位为柔佛苏丹,开启了柔佛首相王朝的序幕。1718年一些马来贵族勾结锡国的Raja Kecil(Minangkabau人)推翻首相王朝。四年后,首相苏丹派系在武吉斯人的协助下,驱逐Raja Kecil,恢复王位;并委任武吉斯人为副王,从此首相王朝受制于武吉斯人。
天猛公王朝(1835~嫡系至今)
1824年《英荷条约》签订后苏丹胡申退休到马六甲,1835年去世。英人不承认其子东姑阿里的地位,改承认天猛公依布拉欣家族世袭。Sultan Abu Bakar继位后,1885年正式建立柔佛天猛公王朝。